para copiar archivos y carpetas al build de java para el "empaquetado" o mejor dicho para el uso de la carpeta dist
Dentro del build.xml hay que ingresar estas líneas de xml para que al dar build en el IDE en mi caso NetBeans pueda copiar archivos necesarios para la ejecución de tu programa
<copy file="conf" todir="${dist.dir}"/> <!--copia de archivos-->
<copydir src="../tuProyecto/reportes/"<!--Copia de Carpetas->
dest="${dist.dir}/reportes"
/>